เรื่องราวเกิดขึ้น 1,300 ปีหลังจากเหตุการณ์ใน How to Train Your Dragon ตอนนี้มังกรเป็นเพียงตำนานของโลกยุคใหม่ เมื่อความผิดปกติทางธรณีวิทยาทำให้เกิดรอยแยกขนาดมหึมาและลึกหลายไมล์บนพื้นผิวโลก นักวิทยาศาสตร์จากทั่วโลกจะมารวมตัวกันที่ศูนย์วิจัยแห่งใหม่เพื่อศึกษาปรากฏการณ์ลึกลับนี้ ในไม่ช้ากลุ่มเด็กที่ไม่เหมาะสมซึ่งพ่อแม่ของพวกเขาพามาที่ไซต์ได้เปิดเผยความจริงเกี่ยวกับมังกรและที่ที่พวกเขาซ่อนตัวอยู่ — ความลับที่พวกเขาต้องเก็บไว้เป็นความลับเพื่อปกป้องสิ่งที่พวกเขาค้นพบ